W dniu 29 stycznia 2009r. pomiędzy Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie będącym organem założycielskim Przychodni Specjalistycznej SP ZOZ Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie występującej jako Zakład przejmujący, a Ministrem Obrony Narodowej będącym organem założycielskim 103 Szpitala Wojskowego z Przychodnią SP ZOZ w Olsztynie jako Zakładu przejmowanego zawarto porozumienie o połączeniu tych Zakładów przez przeniesienie całego mienia Zakładu przejmowanego na rzecz Zakładu przejmującego. Połączone zakłady przyjęły nazwę i adres: Szpital Uniwersytecki z Przychodnią Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie, ul. Warszawska 30, 10-082 Olsztyn. Szpital pod takim szyldem rozpoczął działalność z dniem 1 maja 2009r. W dniu 22 czerwca 2012 roku Senat Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego podjął uchwałę nr 958 w sprawie Statutu Szpitala Uniwersyteckiego z Przychodnią SP ZOZ Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Nowy statut zmienia między innymi nazwę Szpitala na Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Olsztynie. Podmiotem tworzącym Szpital jest Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie.
Uniwersytet Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie powstał 1 września 1999 roku z połączenia trzech istniejących w Olsztynie szkół wyższych: Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego. UWM łączy więc tradycję pięćdziesięcioletniej ART, trzydziestoletniej WSP oraz ponad 450 lat kształcenia teologicznego na Warmii.
Historia Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego sięga jednak 1950 roku. 31 maja tego roku powstała pierwsza wyższa uczelnia w Olsztynie - Wyższa Szkoła Rolnicza, którą przemianowano w 1972 r. na Akademię Rolniczo-Techniczną. 19 czerwca 1969 w Olsztynie utworzono Wyższą Szkołę Nauczycielską, przekształconą w 1974 r. w Wyższą Szkołę Pedagogiczną. Natomiast 23 kwietnia 1980 r. powołano Warmiński Instytut Teologiczny. Intensywne i zakończone sukcesem starania olsztyńskiego środowiska naukowego skupionego w Olsztyńskim Forum Naukowym o powołanie uniwersytetu w Olsztynie trwały całą dekadę lat 90. XX w. 1 czerwca 1999 r. rząd przyjął projekt ustawy w sprawie powołania do życia Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Dzień 1 czerwca na tę pamiątkę stał się świętem uniwersyteckim.
Na starcie tj. w 1999 r. UWM miał 12 wydziałów i 32 kierunki kształcenia oraz 24,5 tysiąca studentów. Uczelnia posiadała prawo do habilitowania w 6 dyscyplinach naukowych oraz do nadawania doktoratów w 13 dyscyplinach. Pierwszym rektorem z mocy Ustawy o utworzeniu UWM w Olsztynie został prof. dr hab. Ryszard Górecki. Główną siedzibą uniwersytetu stało się Kortowo - miasteczko akademickie wcześniej należące do ART.
UWM niemal od dnia powstania intensywnie się rozwija. Znacznie zwiększyła się jego baza dydaktyczna i naukowa. Uczelnia zakupiła nowoczesne wyposażenie laboratoriów i pracowni. UWM wykorzystał do tego celu znaczne środki z funduszy unijnych. Powstały nowe wydziały, pojawiły się nowe kierunki kształcenia. Obecnie UWM składa się z 17 wydziałów. 11 ma pełne prawa akademickie, czyli uprawnienia do nadawania stopni naukowych doktora habilitowanego (w 13 dyscyplinach). Natomiast stopień doktora może nadawać 16 wydziałów w 22 dyscyplinach. Na tych 17 wydziałach na 58 kierunkach kształci się ok. 31 tys. studentów na studiach: stacjonarnych i niestacjonarnych oraz ponad 500 doktorantów i ok. 3 tys. osób na studiach podyplomowych.
